Në kuadër të Laboratorit të Ushqimit dhe Veterinarisë Sektori i Mikrobiologjisë së Ushqimit ka filluar me punë që nga 01 marsi i vitit  2010. Laboratori i Mikrobiologjisë së Ushqimit, është përgjegjës për kryerjen e testeve laboratorike në aspektin mikrobiologjik. Sipas ligjit për Ushqimin 03/L-016 mandati i laboratorit është të testoj produkte ushqimore me prejardhje shtazore duke përfshirë kriterin e Sigurisë dhe Higjienës dhe ushqimit të kafshëve .

Sektori i Mikrobiologjisë së Ushqimit është i akredituar sipas ISO 17025:2005.

Misioni ynë është mbrojtja e shëndetit të konsumatorit nga rreziku i agjentëve mikrobiologjik përmes testimit në parametrat mikrobiologjik në përputhje me legjislacionin dhe kriteret.

Parametrat mikrobiologjik të cilat përcaktohen:

• Numërimi i Escherichia coli – ISO 16649-2:2001
• Numërimi i Enterobacteriaceae – ISO 21528-2:2017
• Totali i mikroorganizmave aerob – ISO 4833:2013
• Numërimi i Staphylococci coagulase positive – ISO 6888-2:1999/Amd.1:2003
• Detektimi i Salmonella spp. – ISO 6579-1:2017
• Detektimi i Listeria monocytogenes – ISO 11290-1:2017
• Numërimi i Listeria monocytogenes – ISO 11290-2:2017

Kategoritë ushqimore të cilat testohen janë:

• Mishi dhe produktet e mishit
• Qumështi dhe produktet e qumështit
• Vezët dhe produktet e vezëve
• Strishot nga karkaset

Organizimi i Laboratorit të Mikrobiologjisë së Ushqimit:

• Njësia e testimeve mikrobiologjike
• Preparatoria